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LECTURES Christian Michel
BIOINFORMATIQUE THEORIQUE (Master 1 ILC) Présentation des concepts biologiques de base. Description d’une base de données de gènes: EMBL. Algorithmes avancés d'alignement de séquences. Méthodes statistiques de recherche de motifs biologiques. Modèles probabilistes d’évolution des gènes. Codes circulaires dans les gènes. Présentation des principaux résultats de recherche obtenus par l'équipe de bioinformatique durant les 20 dernières années.
BIOINFORMATIQUE GENERALE (Master 2 ILC) Le cours est une présentation générale des principales disciplines de la bioinformatique: Bases de données biologiques. Séquençage et cartographie. Analyse bioinformatique des séquences. Identification des gènes. Structure des protéines. Algorithmes d'alignement des séquences. Méthodes de recherche de motifs. Méthodes de reconstruction des arbres phylogénétiques. Analyse bioinformatique des génomes. Génomique structurale. Génomique comparative. Génomique fonctionnelle. Evolution des gènes.
ALGORITHME DU TEXTE (Master 1 ILC) L'algorithme du texte est la discipline informatique permettant de traiter de façon exacte, c'est-à-dire sans heuristique, des données non numériques. Le cours est basé sur le plan suivant: Rappel de définitions. Exemples de mots particuliers: les mots de Fibonacci et les mots de de Bruijn. Automates de localisation d'un langage dans un texte. Localisation d'un mot dans un texte avec fenêtre glissante. Localisation d'un mot dans une liste de mots mémorisés dans une table. Alignement optimal de 2 mots. Recherche approchée de mots: mots à jokers, mots avec distance, mots avec inégalités et motifs courts.
PROBABILITES (Licence 3 Informatique) Résumé du cours [PDF] CP1: ANALYSE COMBINATOIRE Paires, Multiplets, Arrangements avec répétitions, Arrangements sans répétition, Permutations sans répétition, Permutations avec répétitions, Combinaisons sans répétition, Combinaisons avec répétitions, Parties d'un ensemble CP2: ESPACE PROBABILISE Espace, Evénement, Probabilité d'un événement, Espace probabilisé, Lois de probabilités, Probabilité conditionnelle, Indépendance d'événements CP3: VARIABLES ALEATOIRES Variable aléatoire, Fonction de répartition d'une variable aléatoire, Espérance d'une variable aléatoire, Variance et écart-type d'une variable aléatoire, Variable aléatoire à plusieurs dimensions, Fonction génératrice des moments CP4: LOIS DE PROBABILITES DISCRETES USUELLES Loi de Bernoulli, Loi binomiale, Loi multinomiale, Loi géométrique, Loi binomiale négative, Loi hypergéométrique, Loi uniforme discrète, Loi de Poisson CP5: LOIS DE PROBABILITES CONTINUES USUELLES Loi uniforme continue, Loi exponentielle, Loi normale (Loi de Gauss), Loi Gamma, Loi de Erlang, Loi beta, Loi de Laplace, Loi du Khi-Deux, Loi de Student, Loi de Fischer-Snedecor
STATISTIQUES (Licence 3 Informatique) Résumé du cours [PDF] Quelques tables statistiques [ZIP] CS1: MESURES STATISTIQUES Mesures de tendance centrale, Mesures de dispersion CS2: ESTIMATION Estimation ponctuelle, Estimation par intervalle CS3: TESTS D'HYPOTHESE Méthodologie, Comparaison de 2 moyennes CS4: TEST DU KHI-DEUX Principe, Test de comparaison de 2 distributions, Test de l'indépendance de 2 variables qualitatives CS5: TEST DE WILCOXON Test, Loi de distribution nulle de Wilcoxon CS6: AJUSTEMENT D'UNE COURBE Equation des courbes d'ajustement, Droite de 2 points quelconques, Courbes des moindres carrés
PROGRAMMATION ORIENTEE OBJET (Licence 3 Informatique) Résumé du cours [PDF] 1 INTRODUCTION 2 GENERALITES Programme écriture console, Programme écriture fenêtre, Programme lecture, Règles générales d'écriture 3 TYPES PRIMITIFS Notion de type, Type booléen, Type entier, Type réel, Type caractère, Initialisation, Constance, Expression constante 4 OPERATEURS ET EXPRESSIONS Originalité des notions d'opérateur et d'expression, Opérateurs arithmétiques, Conversions implicites dans les expressions, Opérateurs relationnels, Opérateurs logiques, Opérateur d'affectation, Opérateurs d'incrémentation et de décrémentation, Opérateurs d'affectation élargies, Opérateur Cast, Opérateur conditionnel 5 INSTRUCTIONS DE CONTROLE Instruction if, Instruction switch, Instruction while, Instruction do while, Instruction for 6 CLASSES ET OBJETS Classes, Constructeurs, Conception des classes, Affectation et comparaison d'objets, Propriétés des méthodes, Champs et méthodes de classe, Surdéfinition de méthodes, Transmission d'information avec les méthodes, Récursivité des méthodes, Classes internes, Paquetages 7 TABLEAUX Déclaration et création des tableaux, Utilisation des tableaux, Tableaux d'objets, Tableaux en argument, Tableaux multidimensionnels 8 HERITAGE Accès d'une classe dérivée aux membres de sa classe de base, Construction et initialisation des objets dérivés, Dérivations successives, Redéfinition et surdéfinition des membres, Polymorphisme, Super classe objet, Classes et méthodes finales, Classes abstraites, Interfaces, Classes enveloppes, Quelques règles pour la conception des classes, Classes anonymes 9 CHAINES DE CARACTERES Chaînes de caractères, Méthode de recherche dans une chaîne indexOf(), Méthodes de comparaison de chaînes, Modification de chaînes, Tableaux de chaînes, Conversions entre chaînes et types primitifs, Conversions entre chaînes et tableaux de caractères, La classe StringBuffer 11 FLUX Les flux texte 12 LA CLASSE java.lang.Math Champs statiques de la classe java.lang.math, Méthodes statiques de la classe java.lang.math, La classe Random de java.util |